O complexo arquitetônico beneditino, datado do século XVII, composto pela Igreja de Nossa Senhora do Desterro e o antigo Mosteiro de São Bento, é hoje o Museu de Arte Sacra de Santos, tombado pelas três instâncias: federal, em 1948 pelo Iphan (Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional); estadual, em 1971 pelo Condephaat (Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Arqueológico, Artístico e Turístico); e municipal, em 1990 pelo Condepasa (Conselho de Defesa do Patrimônio Cultural de Santos).
Em 11 de julho de 1981 (dia do Patriarca São Bento), por iniciativa do então Bispo Diocesano Dom David Picão de Santos (18/08/1923 – 30/04/2009), foi oficialmente inaugurado o Museu de Arte Sacra, após minucioso trabalho de restauração supervisionado pelos órgãos federal e estadual de preservação (IPHAN e CONDEPHAAT, respectivamente).
O acervo reúne mais de 600 peças sacras e religiosas, de cunho erudito e popular, datadas entre o século XVI ao XXI, entre esculturas, pinturas, objetos litúrgicos e indumentárias.
O Museu de Arte Sacra de Santos, buscando valorizar e divulgar o seu acervo, realiza exposições de longa duração e exposições temporárias, além de manter uma programação educacional e cultural para o público em geral.